O Departamento de Informática da FCT/UNL foi criado em 1975 com a responsabilidade de criar o primeiro curso superior universitário em Engenharia Informática, tendo graduado 1000 Engenheiros Informáticos nos últimos 30 anos. Conta actualmente com cerca de 1000 alunos a frequentar os seus diversos cursos.
O primeiro Mestrado em Engenharia Informática da FCT/UNL foi lançado em 1991, sendo seguido em 1997 pelo Mestrado em Inteligência Artificial. Com a adopção do modelo de Bolonha, o ensino do DI-FCT-UNL foi profundamente reestruturado apresentando cursos modernos e inovadores no panorama nacional e internacional.
Assim, em 2004, foi fundador do Mestrado Internacional em Lógica Computacional (2º ciclo) em parceria com a Universidade Técnica de Dresden e Universidade Livre de Bolzano. Recentemente, em 2006, iniciou-se a nova Licenciatura em Engenharia Informática (1º ciclo) e durante 2007 o novo Mestrado em Engenharia Informática (2º ciclo). No próximo ano lectivo lançará um novo Mestrado Internacional na área da Web Semântica.
O programa de Doutoramento adequado ao 3º ciclo iniciar-se-á no ano lectivo de 2008 em articulação com os programas de Doutoramento internacionais Carnegie Mellon-Portugal, University of Texas at Austin-Portugal, Imperial College of London-Portugal. O DI-FCT-UNL tem docentes seus na gestão nacional dos programas de Doutoramento UT Austin e Imperial College of London.
As actividades científicas do Departamento de Informática encontram-se enquadradas desde os meados da década de 1990 em dois Centros de Investigação, sistematicamente qualificados com a classificação de Muito Bom, a nota máxima atribuída no país a Centros de Investigação em Informática. O DI-FCT-UNL conta com diversos professores nos lugares cimeiros, entre portugueses, dos rankings de classificação internacionais de publicações científicas.