Nos finais do século XVI foi instituído na Universidade de Coimbra um regime de formação de boticários. De acordo com este regime, os candidatos a boticários aprendiam latim durante dois anos, praticavam depois durante quatro anos numa botica competente e após este tempo de aprendizagem sujeitavam-se a um exame na Universidade mediante um júri constituído por professores da Faculdade de Medicina e por boticários da cidade de Coimbra. Tratava-se de um ensino prático, para o qual existiam partidos, isto é, uma forma de subsídio destinado a suportar a aprendizagem dos alunos boticários. A verba atribuída dirigia-se ao mestre boticário que acolhia o praticante, sendo destinada ao seu sustento.
Este regime manteve-se em vigor até 1772. Neste ano a Universidade de Coimbra sofreu uma das mais vultuosas reformas de toda a sua história. Através dela o Marquês de Pombal pretendeu instituir o espírito experimental na Universidade, em particular no domínio das ciências exactas. Foram fundadas as Faculdades de Filosofia e de Matemática e diversos estabelecimentos vocacionados para as ciências experimentais que, deste modo, se vieram juntar às Faculdades já existentes de Cânones, de Leis, de Medicina e de Teologia. Entre os diversos estabelecimentos fundados podem citar-se o Hospital Escolar, o Teatro Anatómico, o Dispensatório Farmacêutico (que , o Laboratório Químico, o Gabinete de História Natural, o Gabinete de Física Experimental e o Jardim Botânico.
O regime de formação de boticários também passou a ter uma nova organização. Nos primeiros dois anos do curso os alunos boticários praticavam as operações químicas no Laboratório Químico e passado este tempo praticavam dois anos as operações farmacêuticas no Dispensatório Farmacêutico. Após estes quatro anos os alunos eram sujeitos a um exame final e, sendo considerados aptos, podiam exercer a profissão em qualquer ponto do país. O ensino era fundamentalmente prático. Contudo, a partir de 1772 a Universidade passou a ter um espaço próprio para a formação de boticários (o Dispensatório Farmacêutico) e pela primeira vez os boticários vieram a ter contacto com as operações químicas no Laboratório Químico da Universidade de Coimbra. O curso não conduzia à obtenção de qualquer grau académico.
Até 1836 manteve-se o regime instituído em 1772. Em 1836 foi fundada a Escola de Farmácia da Universidade de Coimbra que funcionava em anexo à Faculdade de Medicina da Universidade de Coimbra. A partir desta data, embora o ensino fosse de significativa componente prática, foram introduzidas cadeiras preliminares de índole teórica antes da componente prática. Em 1836 foram fundadas as Escolas de Farmácia de Lisboa e do Porto que funcionavam em anexo às Escolas Médico-Cirúrgicas, também recém-instituídas. Em 1836 foi também suspenso o regime de acesso à profissão através do físico-mor que constituía uma via paralela conducente ao exercício profissional e que captava a maior parte dos candidatos a boticários. Contudo, o regime de formação de farmacêuticos instituído em 1836 através das Escolas de Farmácia compreendia duas vertentes: o regime escolar na Escola de Farmácia e o regime de acesso através da prática farmacêutica numa farmácia aberta ao público com posterior exame na Universidade de Coimbra. Os farmacêuticos titulados pela Universidade de Coimbra era, na sua maioria, os provenientes desta segunda via.
Entre 1836 e 1902 o regime de ensino da farmácia na Universidade de Coimbra manteve-se em moldes idênticos, embora com algumas modificações pontuais. O regime imposto em 1902 acabou com a referida dupla via de formação profissional. A partir de 1902 o ensino da farmácia passou a ser considerado superior, sendo constituído por um total de dois anos, com um regime de aulas teóricas e de aulas práticas.
Entre 1902 e 1932 confrontamo-nos com diversas reforma de ensino farmacêutico: em 1911 passou a ser concedida autonomia à Escola de Farmácia; em 1918 a Escola passou a ser considerada independente e autónoma; em 1919 passou a conceder o grau de licenciado; em 1921 a Escola de Farmácia passou a ter o Estatuto de Faculdade. Saliente-se que foi neste período, em 1915, que a Escola de Farmácia passou a ter instalações próprias e exclusivas para o ensino da farmácia - a Casa dos Melos. Em 1928 a Faculdade de Farmácia de Coimbra foi extinta. Em 1932 foi novamente reorganizada. Contudo, passou a ter o estatuto de Escola, deixando de conceder o grau de licenciado. Este estado de coisas manteve-se até 1968. Somente a Faculdade de Farmácia do Porto continuou a ter o estatuto que lhe permitia conceder o grau de licenciado e de doutor.
Em 1968 o ensino farmacêutico na Universidade de Coimbra foi novamente reorganizado. Foi restabelecida a Faculdade (o que aconteceu também em Lisboa), o que permitiu que Coimbra concedesse novamente os graus de licenciado e de doutor. Entre 1968 e a actualidade algumas reformas de ensino são dignas de registo: em 1978 a reforma dividiu o curso em três ramos (farmácia de oficina e hospitalar; farmácia industrial; análises químico-biológicas), em 1983 somos confrontados com uma alteração pontual da reforma de 1978 e, em 1988, uma nova reforma de ensino da farmácia pretendeu sintonizar os estudos farmacêuticos com as orientações europeias.
